海洋，孕育地球生命之源，更藏着一个超古代的文明- 高等智慧的鱼族, 千万年前鱼族为逃避一次灾难乘飞船逃离地球, 移民到外星球居住。 今天，当成为了地球新主宰的人类还耽于安乐时，一场巨大的危机正悄悄接近, 鱼族知道人类不爱惜地球, 不断的耗费资源，更污染大地与海洋, 使无数海洋物种灭绝时，便决定回到地球。使地球全部变成汪洋, 并把鱼族移回地球！ 阿空、阿静、阿能、阿震、阿风和杨一击等六位个性迥异的年轻人，在唐少校、柯娜和福伯带领和帮助下，互相融合、互相接纳、彼此学习，逐渐成长为拥有强大的爱心、超凡的意志及守护正义的能力的有为青年，组成了团结勇敢、战无不胜的“巨神战击队”。关键时刻，继承史前文明的巨神战击队挺身而出！为了保护人类，六位战士连同十二只机械圣兽并组合成"天""地""人"三大巨神机械人殊死对抗鱼族魔军！ 他们不断地迎接一次又一次挑战，不断地在战斗中学习成长，在历经无数次艰难险阻之后，最终在大家团结齐心的不懈努力之下，战胜了邪恶力量，保护了地球的和平。